No entanto, foi somente em 10 de janeiro de 1868 que a construção da primeira capela teve início. Essa capela foi dedicada ao Senhor Bom Jesus de Nazaré e localizada onde hoje é conhecido como Passa Vinte, com o objetivo de atender à crescente população.
Após alguns pedidos negados, em dezembro de 1902, os moradores de Palhoça solicitaram à Cúria Diocesana de Curitiba a criação da Paróquia. Com uma comunidade de aproximadamente seis mil habitantes, o pedido foi recusado. No entanto, os pedidos continuaram e, em 1920, com a Diocese de Santa Catarina já estabelecida, a criação da Paróquia foi finalmente aceita. Na época, a cidade de Palhoça já contava com oito mil moradores.
Assim, em 3 de maio de 1921, a Paróquia Senhor Bom Jesus de Nazaré foi criada por Dom Joaquim Domingues de Oliveira, sendo confiada aos padres franciscanos. Em 12 de fevereiro de 1956, o Pe. Ertesto Pretti foi nomeado como o primeiro pároco diocesano.
A partir de 1975, o pároco de Palhoça passou a atender também a região da Paróquia de Nossa Senhora do Rosário, na Enseada de Brito, que havia sido desativada. Somente em 13 de maio de 2000, a paróquia foi reativada.
Além disso, em 15 de abril de 1983, a Paróquia do Senhor Bom Jesus de Nazaré cedeu parte de seu território para a criação da Paróquia de São Judas Tadeu e São João Batista, localizada no Bairro da Ponte do Maroim. O primeiro pároco dessa nova paróquia foi o Pe. Osvaldo Prim.
Comemorando um século de história, a Paróquia Senhor Bom Jesus de Nazaré é um símbolo de fé e devoção em Palhoça, Santa Catarina. Sua trajetória é marcada pela perseverança da comunidade em busca da criação e fortalecimento de sua paróquia, tornando-se um apoio espiritual para os moradores ao longo dos anos.